为开发学生潜能，磨练学生意志，促进学生健康发展，科大附中在国家基础课程之上，进行延伸拓展，大力开发建设校本课程130余门，初步形成了“品德与健康、科学与数学、阅读与表达、艺术与审美、劳动与生活”五大模块的课程体系。
2020年9月14日，在全体师生和家长的期盼中，小学、初中第二课堂开课。铃声响起，同学们穿梭于各个教室，体验不同的课程。趣味数学、英语话剧、唐诗鉴赏、汉服文化、书法绘画、剪纸手工、人工智能、科学动手做、舞蹈、主持、摄影、棋类、武术、琵琶、花样跳绳、健美操、独轮车、排球、足球、体能……丰富多彩的课程，让孩子们的校园生活有趣又有意义。
8月初，学校启动第二课堂课程建设工作。教务处、教研室带领各教研组积极筹备，充分研讨，深入研究，鼓励每一位任课教师挖掘自身优势，发展特长。最终在各学科老师的支持和配合下，1-7年级体育组、音乐组、美术组、科学组、语文组、数学组、物理组、化学组、英语组、信息组、地理组、历史组、生物组、政治组、校外专家组共开发了130余门课程，课程内容丰富多彩，为全校学生提供了众多学习和选择的机会。
第二课堂在推进新课程改革、形成学校特色、发展学校内涵等方面发挥着不可替代的作用。学校结合实际情况，制定了《科大附中第二课堂实施方案》，对第二课堂的组织和实施进行严格管理。从课程开发、师资配置，到课程计划制定、活动过程管理以及课程评价，都进行了全面细致的安排，为第二课堂的顺利开展提供了有力保障。
喜看稻菽千重浪 ，秋日寻芳在课堂。落英缤纷的傍晚，第二课堂已是科大附中一抹最亮丽的风景线。愿附中学子在扎实学习的基础上，进行多角度、多层次、有深度、有广度地拓展，在自由成长的空间里不断探索，不断进步！